Η Βιβλιοθήκη του Μουσείου Μπενάκη ιδρύθηκε το 1931, τη χρονιά που εγκαινιάστηκε και το Μουσείο. Μέχρι σήμερα έχει συγκεντρώσει περισσότερους από 180.000 τίτλους βιβλίων και περιοδικών, με θέματα που σχετίζονται με το υλικό των συλλογών του Μουσείου. Διαθέτει επίσης αξιόλογες συλλογές βιβλίων για την ισλαμική τέχνη και την τέχνη της Άπω Ανατολής. Οι συλλογές σπάνιου υλικού περιλαμβάνουν σημαντικό αριθμό χειρογράφων και παλαιτύπων.